日本都市センターでは、1964年の第1次市役所事務機構調査研究以来、その時代の新しい行政需要に即応し、合理的かつ効果的な行政運営が実行可能な都市行政機構のあり方について、およそ10年おきに総合的な調査研究を実施し、今後の方向性を展望している。
市役所事務機構研究
〇第6次調査（2017～2019年度）
人口減少時代に突入し、グローバル化の進展やデジタル社会への移行が進む一方で、地域社会の変化、住民意識の多様化が進むなか、各都市自治体が意識的に自らの地域に適した都市行政機構をデザインしていくことが求められているとして、首長、事務部門それぞれへのアンケート調査結果、多数の事例調査結果を盛り込んだ報告書を取りまとめた。・人口減少時代の都市行政機構（第6次市役所事務機構研究会報告書） 2020年3月
・2040年に向けて持続可能な市役所
・首長アンケートに見る社会環境の変化
・地方分権改革の評価と展望
・都市自治体の意思決定過程
・住民－都市自治体関係の変化
・都市自治体の総合行政と計画行政
・市役所事務機構の効率化と合理化
・都市自治体の評価と政策法務
・都市自治体職員の確保と人材育成
・都市自治体職員の「働き方改革」と技術革新
・公共サービス提供主体の多様化
・デジタル社会の到来を見据えた技術革新と都市自治体の対応
・都市自治体におけるガバナンスに関する調査研究 ―第6次市役所事務機構研究会中間報告書― 2019年3月〇第5次調査（2007～2008年度）
事務部門に対するアンケート調査に加え、新たに首長個人を対象とするアンケート調査を実施し、地方分権改革やいわゆる平成の大合併を経て過渡期にある都市行政機構の分析を行い、報告書を刊行した。報告書
・ 分権改革は都市行政機構を変えたか 2009年3月 （第一法規㈱ウェブサイト）・ 分権型社会の都市行政と組織改革に関する調査研究―市役所事務機構アンケート調査結果報告― 2008年3月
その他
・ 分権型社会の都市行政と組織改革に関する調査研究2008・ 分権型社会の都市行政と組織改革に関する調査研究2007
・ 市役所事務機構に関するアンケート調査結果（都市人口区分別集計）【首長アンケート】
〇第4次調査（1996～1998年度）
地方分権改革が動き出すなかで、市民と行政との関係、マネジメント、政策評価、自治体法務など新しい課題に焦点をあて、多様な理論と実態を踏まえて、制度設計の視点を提示した。報告書
・ 分権型社会の都市行政と組織改革―第4次市役所事務機構研究委員会最終報告書― 1999年・ 分権型社会の都市行政と組織改革―第4次市役所事務機構研究委員会報告書― 1998年
・ 都市における新しい行政のあり方等に関する調査―平成8年度市役所事務機構研究報告― 1997年
〇第3次調査
市民参加・開かれた行政・都市の個性重視などの理念のもとで、情報システム、人事・定員管理、新規施策への組織的対応などの課題を取り入れ、文化行政や快適な都市環境づくりなど新しい時代の到来に見合った事務機構のあり方を提示した。報告書
・ 新しい市役所事務機構の方向―第3次市役所事務機構研究委員会報告書― 1987年9月・ 新しい市役所事務機構に関する研究（現状分析編） 1986年3月